Прошло 5 лет с тех пор, как Бен Тенннисон нашел инопланетные часы Омнитрикс и превратился в супер-героя. Теперь Бену 15 лет, и он обычный подросток, который давно уже не надевал Омнитрикс. Его приключения и превращения в супер-героев остались в прошлом. После победы над злым Вилгаксом Бен снял свои супер-часы и с тех пор не прибегал к их помощи. Меньше всего Бену хочется снова попасть в опасное приключение, но неожиданно он узнает, что дедушка Макс пропал. Он спешит рассказать об этом своей кузине Гвен. Бен решает снова надеть Омнитрикс и выяснить, куда исчез дедушка Макс. Бен и Гвен начинают расследование и обнаруживают, что инопланетяне снова строят коварные планы. Новая инопланетная раса, хочет уничтожить жизнь не только на Земле, но и во всей Галактике.

Вечер в супермаркете "Хастингс"- что в Бак Лейк, штат Аризона. Нормальная монотонная деятельность заведения заканчивается в 22:07 вечера, когда группа вооруженных до зубов боевиков, забегает в магазин убив нескольких работников и покупателей, остальных взяв в заложники. Захватчики оказываются не грабителями и не террористами, они ученые изгои которые обнаружили гусеничных чужеродных вредителей в этом магазине. В эту ночь они полны решимости выяснить, в кого из выживших вселилась инопланетная дрянь и уничтожить вторжение любой ценой.

В 2008 году человечество столкнулось с угрозой извне ─ огромные корабли пришельцев вошли в атмосферу Земли и атаковали крупнейшие города. Инопланетная раса, позже названная Роем, за тысячелетия миграций по Вселенной впитала в себя сотни видов. Она оказалась практически неуязвима для человеческого оружия. Правительства Земли ответили тактическими ядерными ударами по местам высадки чужаков, однако Рой не понес больших потерь. Человечество же потеряло последнюю надежду на выживание.
Спасаясь от радиационного кошмара, захватчиков и воцарившегося хаоса, люди ушли под землю. Метро, канализация и подвалы дали убежище побежденному человечеству. Спустя два года после Вторжения, люди уподобились крысам, прячущимся по темным углам подземелий, в то время как на поверхности Земли инопланетяне движутся к ведомой лишь им цели. Однако не все выжившие потеряли надежду, некоторые еще верят, что будущее планеты в руках человечества.

Во время раскопок в Нью-Мехико археологи пробуждают ото сна отвратительное чудовище. Эта инопланетная тварь пролежала там почти тысячу лет! Разъяренный монстр уничтожает все живое, что попадется на его пути. Местная женщина-шериф, в последнее время часто злоупотребляет алкоголем. Поэтому ей хватает и своих демонов! Но именно ей выпала участь возглавить отряд бойцов, которые пытаются уничтожить это исчадие ада.