Главный герой игры — Барни Калхун — обычный охранник, работающий в "Чёрной Мезе", отвечающий за безопасность персонала и сохранность оборудования в подземном секторе комплекса. Во время каскадного резонанса, Калхун оказывается запертым в лифте вместе с двумя учёными. Он поднимается по лифтовой шахте и вскоре пробивается с боем по подземельям комплекса в поисках выхода на поверхность. Калхун спасает нескольких учёных, которые были заперты в железнодорожных вагонах. Один из учёных, Доктор Розенберг (который также появляется в Half-Life: Decay), сообщает Калхуну, что комплекс занят солдатами из спецподразделения, целью которых, помимо ликвидации инопланетной угрозы, является уничтожения всего персонала "Чёрной Мезы", как свидетелей. Единственный шанс сбежать из комплекса - использовать старый прототип телепорта в старом комплексе. Если он работает, то с его помощью можно телепортироваться за пределы "Чёрной Мезы".