2034 год. Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду. Во время расследования пути Бато и Мотоко пересекаются. Она предупреждает его не приближаться к Сообществу Крепкого Государства. Как выяснилось потом это общество было создано для использования ментальных ресурсов стариков подключённых к здравоохранительной системе наблюдения, которая поддерживала их жизнь пока они не умрут естественной смертью. Также подключённые к системе могли заботиться о сиротах или детях из неблагополучных семей, обретая смысл для жизни и завещая этим детям своё имущество после смерти. Однако, детей стали похищать чтобы сделать частью системы. Официальные лица ничего не подозревали об этом. За всем этим и стоял Кукловод, создавший инфраструктуру похищения детей и промывки мозгов им и их родителям.

Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным "коллегами" из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...