Мультфильм начинается с банды Пурпурных Драконов. Возглавляемые Ханом, они занимаются очередным грабежом. Неожиданно на крыше появляются 4 тени - это Черепашки из сериала 80-х. Следует битва. Убежище "новых" Черепашек (в стилистике "Назад в канализацию"). Учитель Сплинтер смотрит очередную мыльную оперу, когда показ неожиданно прерывается специальным выпуском новостей. Показывают Черепашек, но силуэты расплывчаты. Сплинтер просит учеников подойти и объяснить происходящее, но Зеленая Команда в один голос уверяет, что все это время была дома. Чтобы разобраться что к чему, Черепашки отправляются наверх.

После поражения их старейшего врага Шредера, семья черепашек распалась. Кроме борьбы за единство семьи их сенсей Сплинтер обеспокоен еще и тем, что в Нью-Йорке происходит что-то странное. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс готовит армию древних монстров, остановить которую сможет только суперкоманда бойцов ниндзя - Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль! Вместе со своими прежними соратниками Эйприл О'Нил и Кейси Джонсом Черепашки снова в сражаются за свои жизни, им снова предстоит противостоять таинственному клану Фут, поставившему свои собственные способности ниндзя на службу интересам Уинтера.