2034 год. Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду. Во время расследования пути Бато и Мотоко пересекаются. Она предупреждает его не приближаться к Сообществу Крепкого Государства. Как выяснилось потом это общество было создано для использования ментальных ресурсов стариков подключённых к здравоохранительной системе наблюдения, которая поддерживала их жизнь пока они не умрут естественной смертью. Также подключённые к системе могли заботиться о сиротах или детях из неблагополучных семей, обретая смысл для жизни и завещая этим детям своё имущество после смерти. Однако, детей стали похищать чтобы сделать частью системы. Официальные лица ничего не подозревали об этом. За всем этим и стоял Кукловод, создавший инфраструктуру похищения детей и промывки мозгов им и их родителям.

Один из самых опасных шпионов в мире харизматичный Гэбриэл Шир (Джон Траволта), работавший когда-то на ЦРУ, а ныне ставший гениальным преступником, задумывает украсть 9 миллиардов долларов из нелегальных правительственных фондов. Для этого ему нужны помощь суперхакера, способного взломать систему безопасности любой компьютерной сети. Таким умельцем является Стенли Джобсон (Хью Джекман), который недавно отсидел срок за взлом ФБР.В результате Джобсон остался без гроша, без любимого занятия, а главное — без любимой дочери Холли. Гэбриэл и его очаровательная партнёрша Джинжер (Холли Берри) заманивают Стэнли в своё дерзкое предприятие, обещая хакеру то, от чего он не может отказаться — в обмен на выполненную работу он получит опекунство над дочерью и шанс начать новую жизнь.Однако, взявшись за реализацию этой сложной и рискованной операции, Стэнли вдруг понимает, что он лишь пешка в большой игре…